小腸内視鏡検査には、従来よりダブルバルーン内視鏡（DBE）とシングルバルーン内視鏡が導入されている。

DBEの内視鏡本体は内筒のスコープと外筒のウレタンもしくはシリコーン製オーバーチューブの二重構造からなる。

有効長は2mであり、チャンネル径は治療用の内視鏡で3.2mm である。

各々の先端にバルーンが装着されており、これらを膨らませて内視鏡と腸管を固定短縮し、続いてバルーンを脱気しさらに深部の腸管へ挿入していくことを繰り返す。

経口的、経肛門的アプローチを行うことができ、一方向のアプローチの最深部で点墨を行い、次回もう一方からのアプローチにおいて前回の点墨まで到達することで、全小腸の観察となる。

現在では、全患者の約8割で全小腸の観察ができている。