大腸カメラ検査時にも、胃カメラ同様にMALTリンパ腫を認める場合がある。

病変部位は直腸が最も多く、続いて右側大腸、S状結腸、横行結腸の順である。

大腸MALT リンパ腫では腫瘍細胞が粘膜表層よりも粘膜下層方向に強い増殖傾向を示すと考えられているため、大腸MALTリンパ腫では上皮内へのリンパ腫細胞浸潤であるlymphoepithelial lesion（LEL）があまり目立たず、centrocyte like （CCL）cellやmonocytoid B-cell のびまん性増殖が中心となる例が多い。