現在、新型コロナウイルス感染症（COVID-19)の変異オミクロン株による第7波が流行している。

しかし、オミクロン対応ワクチンも開発され、日本消化器内視鏡学会からSARS-CoV-2のPCR検査や抗原検査陽性の方・以下の条件のいずれかに該当する被検者（COVID-19が確定した症例・臨床的にCOVID-19を疑う症例：内視鏡診療におけるハイリスク患者）に対する消化器内視鏡診療の施行についての緊急提言がなされ、緊急性のある場合においてのみ消化器内視鏡診療の施行を推奨されている。

なお、厚生労働省の指針では、SARS-CoV-2感染が確認された有症状者では、発症日から10日間以上が経過し、かつ症状軽快後72時間経過した時点、あるいは10日間が経過していない場合でも、症状が軽快して24時間経過した後にPCRまたは抗原定量検査で24時間以上間隔をあけ、2回の陰性を確認できれば療養解除となる。

また、無症状者では、検体採取日から７日間経過した時点（オミクロン株の場合）、もしくは検体採取日から6日間経過後、PCRまたは抗原定量検査で24時間以上間隔をあけ、2回の陰性を確認できれば療養解除となる。

しかし、療養解除後の内視鏡施行までの期間については施設毎の基準を確認が必要である。