GIST（消化管間質腫瘍）は消化管粘膜下の筋層にカハール介在細胞の前駆細胞が異常に増殖し腫瘍化したものであり、粘膜から発生する胃癌や大腸癌とは異なる性質を示す。GISTまたはGISTが強く疑われる場合は原則的に手術療法を行う。

組織採取が困難な小腫瘍に対しては内視鏡検査による経過観察を行うが、現在のガイドラインでは腫瘍の大きさに関係なく外科的手術による摘出が基本である。

手術治療についてGISTは胃癌や大腸癌と比べ周囲の組織への浸潤が少なく、リンパ節転移も非常に稀であるため、多くの場合は腫瘍の切除において切除臓器の機能温存を考慮した部分切除が行われる。

大きさが5センチメートル以下の胃や小腸のGISTの場合、発生場所や発育形式を考慮して、腹腔鏡下手術を行うことがある。

手術時の注意事項としては、偽被膜の損傷を起こさない安全なマージンを確保し肉眼的切除断端陰性を確認することや臓器機能温存を考慮した部分切除を行い、予防的もしくは系統的リンパ節郭清は不要とされる。

また、手術後に病理組織検査の結果により再発が高リスクと判定された場合は、再発予防目的にイマチニブ治療を行う。