小腸カプセル内視鏡(SBCE)は1秒間に2枚（AFRを搭載しているPill-CamTM SB3は最大6枚）の画像を撮像しながら腸管内を進んでいく。

小腸の撮像時間は5時間程度であり、単純に計算すると小腸だけでも約18,000枚の画像を読影する必要がある。

そのため、各社ソフトウェアの開発には力を入れている。

Medtronic 社の読影ソフトウェアには、赤色を検出する機能、短時間で画像の概要を把握するための機能、類似した画像を貼り合わせて表示する機能などが搭載されている。Medtronic社第三世代SBCE には読影ソフトウェアRAPIDTM Reader Software v8が搭載され、撮像画像の処理機能が改良されて読影の効率化が図られている。

SBCE システムの導入によりCEの経験値によらず読影時間が短くなり、読影の効率化が図られることが報告されている。

オリンパス社第一世代読影ソフトウェアには赤色を検出する機能（出血部位を検出する機能）、直前の画像と比較しその相異度を計算し、相異度の高いものから表示する機能（病変のありそうな画像を表示する機能）などが搭載されている。

また、オリンパス社第二世代ENDOCAPSULE 10 ソフトウェアには Omni モードという読影機能が搭載されている。

これまでの読影ソフトウェアは前後の画像から類似度を判定し、類似度が高い画像は表示せずに省くものであったが、Omniモードは撮像されたすべてのCE画像から類似度を計算し、一度も表示されていない領域があった場合は表示し、すべての領域が過去画像で網羅されている場合はその画像を表示せず画像を省く機能を搭載している。

このことにより、一度みた領域の画像を効率的に省いていくことができる。